刑事案件指定管辖适用条件是：
1、管辖权不明，根据现行法律规定，不能确定明确的管辖，即无人应管的情形；
2、有争议且协商不成，依法几个机关同时均可以管，经过协商仍然没能确定管辖机关的情形；
3、不方便管，因为客观或者紧急情况，有管辖权的不宜行使管辖权，由上级人民以指定的方式确定案件的管辖。
刑事案件指定管辖适用情形有哪些
1、有管辖权的人民由于特殊原因，不能行使管辖权。所谓特殊原因，包括事实上和法律上的原因。事实上的原因，如有管辖权的人民遇到了不可抗力的事由，即地震、水灾等无法行使管辖权；
2、因管辖权发生争议，经双方协商未能解决争议所谓争议，包括相互推诿或者相互争夺。
【法律依据】：《中华人民共和国刑事诉讼法》第二十七条
上级人民可以指定下级人民审判管辖不明的案件，也可以指定下级人民将案件移送其他人民审判。
第二十五条
刑事案件由犯罪地的人民管辖。如果由被告人居住地的人民审判更为适宜的，可以由被告人居住地的人民管辖。